Le Sars-CoV-2 semble sorti de nulle part. A ce jour, nul n’a pu expliquer comment ce virus d’emblée très efficace pour nous infecter a pu émerger à Wuhan, à la fin de 2019. La Chine n’ayant pas ouvert ses frontières à une enquête indépendante, les faits établis restent limités. On sait que le virus vient des chauve-souris. On sait aussi que l’animal intermédiaire, dans lequel il aurait pu évoluer pour s’adapter à l’homme, n’a pas été identifié. On sait encore que le marché de Wuhan a au moins joué un rôle d’amplificateur de l’épidémie. On sait, enfin, que les scientifiques de l’Institut de virologie de Wuhan (WIV en anglais) étudiaient et manipulaient les coronavirus. Et c’est tout. A partir de là, deux hypothèses ont émergé : une zoonose, ou une fuite de laboratoire. Au fil du temps, les scientifiques ont interprété et réinterprété les maigres données disponibles, et ont choisi leur camp. Voici les principaux arguments de cette controverse, l’une des plus politisées et toxiques de notre temps.1/ Les chauves-souris, le réservoir originelLes faitsUne chauve souris “fer à cheval”.Au départ, tout paraissait simple. Le 11 janvier 2020, peu après l’apparition d’une pneumonie virale d’origine inconnue à Wuhan, le génome du virus est rendu public. Baptisé Sars-CoV-2, il est apparenté au Sars-CoV apparu en 2002 en Chine, qui a provoqué l’épidémie de Sras. A l’époque, les investigations avaient montré que l’hôte d’origine était la chauve-souris “fer à cheval” (Rhinolophus). En 2020, les scientifiques ont donc naturellement tourné leur regard vers ces animaux. La suite leur a donné raison. Dès le 3 février 2020, les chercheurs du WIV dévoilaient la séquence d’un virus baptisé RaTG13, prélevé en 2013 dans les grottes du sud-est de la Chine, sur des Rhinolophus. Identique à 96,1 % à Sars-CoV-2, il en reste trop éloigné pour en être le progéniteur direct. Deux ans plus tard, le français Marc Eloit, de l’Institut Pasteur, découvre dans le nord du Laos, chez les mêmes mammifères et dans le même relief géologique, une famille de coronavirus baptisée “Banal”, identique à 96,85 % à Sars-CoV-2. Là encore, c’est trop éloigné pour en faire l’ancêtre du virus responsable du Covid-19. Mais l’étau se resserre, et une conclusion s’impose : le virus originel, toujours introuvable, circulerait bien chez les chauve-souris “fer à cheval”. Mais de nombreuses pièces manquent encore au puzzle pour expliquer comment il a ensuite pu se retrouver chez l’Homme, à Wuhan, à 1500 kilomètres de l’habitat naturel des rhinolophes, une espèce qui n’est pas connue pour être une grande voyageuse… Hypothèse zoonotiqueLe scénario privilégié ? Comme en 2002, une chauve-souris infecte un animal intermédiaire, qui contamine un humain. L’existence dans la nature de virus proches de Sars-CoV-2, comme “Banal”, plaide en ce sens. “Mais cela n’explique pas tout, car l’écart entre les deux représente des années d’évolution”, décrypte Marc Eloit. Est-il étonnant de ne pas avoir identifié un ancêtre plus proche de Sars-CoV-2 chez les chauve-souris ? Pas forcément. “Nous ne connaissons qu’une infime partie des coronavirus dans la nature”, tempère Florence Débarre, directrice de recherche au CNRS. Virologue à l’Institut Pasteur et coprésident du Sago (Scientific Advisory Group for the Origins of Novel Pathogens), le comité mandaté par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) pour enquêter sur l’origine du Covid, Jean-Claude Manuguerra avance un autre argument : “Sars-CoV-2 aurait pu naître par la recombinaison de deux ou trois autres virus au sein d’une chauve-souris, être transmis à une autre espèce ou à l’homme, puis avoir disparu de son hôte initial, faute de s’y être adapté”. Un accident génétique, dont on ne retrouvera donc par définition jamais la trace.Hypothèses liées à une activité de laboratoireQu’une rhinolophe soit le réservoir naturel du virus ne veut pas dire que le WIV n’a rien à voir dans cette histoire. “Le SRAS de 2002-2003 avait mis en évidence qu’on connaissait mal les coronavirus de chauves-souris, commente le Pr Renaud Piarroux, spécialiste des épidémies et chef de service à l’hôpital de la Pitié Salpêtrière (AP-HP). Les équipes du WIV, dirigées par la virologue Shi Zhengli, sont donc allées collecter des virus dans le sud de la Chine”. En ont-ils trouvé de plus proches encore de Sars-CoV-2 que le fameux RaTG13 ? Nul ne le sait. Shi Zhengli en a récemment dévoilé une cinquantaine inconnus jusqu’à présent, sans que l’on sache si ces données sont exhaustives. Mais elle soutient “qu’aucun des virus stockés dans [ses] congélateurs n’était l’ancêtre le plus récent du virus Sars-CoV-2”. Une précision, les hypothèses liées au laboratoire n’incluent pas forcément un stockage ou une manipulation du virus à Wuhan. “Le WIV a pu employer des travailleurs locaux mal protégés pour faire des prélèvements dans des grottes du sud de la Chine. Un collecteur s’infecte et le virus passe chez l’homme”, imagine Jean-Claude Manuguerra.2/ Le marché de Wuhan, le “hotspot”Un policier devant le marché fermé de Wuhan où le coronavirus a été détecté, le 24 janvier 2020 en ChineLes faitsA Wuhan, le marché Huanan a joué un rôle crucial dans l’amplification de l’épidémie. C’est là où tout s’est emballé… mais pas forcément là où tout a débuté. Le virus donnant surtout des cas bénins, il a pu circuler à bas bruit avant d’arriver au marché, qui aurait joué le rôle de “cluster” géant. Pour valider l’hypothèse de l’émergence du virus à partir d’animaux vendus à Huanan, il aurait fallu trouver dans ses allées des bêtes infectées avec un progéniteur direct du virus. Rien de tel n’a été mis au jour, car le marché a été vidé à la fin de 2019 et les animaux éliminés. Début 2020, le virologue George Gao, alors directeur du Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies, y a néanmoins réalisé avec ses équipes plus d’un millier de prélèvements. Des chercheurs étrangers ont découvert fortuitement ces données sur une base internationale (Gisaid) au début de l’année 2023. Leur analyse fait depuis l’objet d’âpres discussions, tout comme la question du nombre d’émergences du virus. Une fuite de laboratoire supposerait un seul passage chez l’homme, alors qu’un virus qui circulerait – et muterait – au sein d’un réservoir animal “collerait” mieux avec des émergences multiples…Hypothèse zoonotiqueEn décortiquant les prélèvements issus du marché, des scientifiques internationaux, sous la houlette de la Française Florence Débarre et du Canadien Michael Worobey, y ont trouvé des traces de l’ADN de chiens viverrins et de civettes. “Le rapport de la mission conjointe OMS-Chine de 2021 ne faisait pas mention de ces animaux. Notre travail ne laisse plus planer le doute sur leur présence au marché, et le scénario se précise : on a des premiers cas identifiés en lien avec ce lieu ; des espèces qui posent un risque pour la transmission de coronavirus aux humains ; et un endroit très fréquenté. Tous les ingrédients d’une zoonose sont réunis”, résume Florence Débarre. “Ces données apportent une information inédite : la présence concomitante d’ADN de ces animaux et d’ARN du Sars-CoV-2 sur un stand en particulier”, abonde Jean-Claude Manuguerra. Le virologue américain Robert Garry y verra “un pistolet fumant portant l’ADN des principaux suspects sur le lieu exact du crime”.Un autre élément semble accréditer la zoonose : la présence à Huanan des lignées les plus précoces connues du virus, appelées “A” et “B”. Au départ, seul “B” y avait été identifié. “Cela posait un problème, car ‘A’, trouvé jusque-là seulement en dehors du marché, semblait plus ancien. Si le virus avait émergé ici, il fallait qu’on explique pourquoi ‘A’ n’y apparaissait pas”, décrypte Florence Débarre. En février 2022, le chinois George Gao indique toutefois qu’il a découvert cette lignée “A” dans les prélèvements du marché. Une publication proposera par ailleurs, à partir d’analyses d’une grande complexité, un scénario dans lequel ces deux lignées correspondraient en réalité à deux franchissements successifs de la barrière d’espèce. “C’est très en faveur de l’idée que le virus aurait tourné chez l’animal avant le démarrage de l’épidémie”, analyse Jean-Claude Manuguerra.Hypothèses liées à une activité de laboratoirePour prouver que les animaux sur le marché étaient infectés, il faudrait montrer qu’il y avait plus d’ARN de Sars-CoV-2 dans les stands où ils se trouvaient. “Or on ne retrouve pas cette corrélation dans les prélèvements : même les étals de poissons et de légumes étaient plus contaminés”, note le Pr Piarroux. George Gao avait d’ailleurs conclu que ses données… ne permettaient pas de conclure. “Elles sont ininterprétables en termes de causalité, confirme Marc Eloit, de l’Institut Pasteur. Les quelques traces de Sars-CoV-2 trouvées sur les étals sont compatibles avec une contamination des animaux par les humains.”La thèse des deux émergences au marché n’est pas plus consensuelle. “Il n’y a que deux mutations d’écart entre les deux lignées, c’est très peu. Habituellement le virus mute sans cesse quand il tente de franchir la barrière d’espèce”, constate le Pr Patrick Berche, ancien directeur de l’Institut Pasteur de Lille. L’étude qui concluait à deux émergences laissait même entendre qu’il y aurait eu en réalité des émergences multiples. “Mais dans ce cas, pourquoi n’en avons-nous jamais trouvé la trace, ni à Wuhan, ni ailleurs ?” s’interroge le Pr Piarroux. La version initiale de ce travail a en outre fait l’objet d’un erratum, conduisant ses auteurs à réduire le degré de certitude de leurs résultats.3/ L’espèce intermédiaire introuvableLes faitsLes deux précédentes épidémies liées à des coronavirus ont un point commun : la présence d’un animal entre le réservoir d’origine – les chauves-souris – et l’Homme. “Nous sommes génétiquement assez éloignés des chauves-souris, donc la circulation du virus au sein d’un autre mammifère peut lui permettre de s’adapter par mutation ou par échange génomique avec un autre coronavirus. Ce prérequis lui permettrait en théorie d’acquérir la capacité d’infecter l’Homme”, précise Marc Eloit. La civette ou le chien viverrin restent les principaux suspects. Mais à ce jour, tous les animaux trouvés infectés l’ont été à partir de l’espèce humaine.Hypothèse zoonotiqueAbsence de preuve n’est pas preuve d’absence. “Pour le premier Sars, les chauves-souris ont été identifiées comme réservoir d’origine, et les civettes comme l’une des espèces intermédiaires, certes, mais on ne sait pas comment les premières contaminations animales puis humaines ont eu lieu précisément”, constate Florence Débarre. Pour le Covid, cette espèce intermédiaire a pu être mal cherchée. “La Chine a dit avoir testé plus de 80 000 animaux, mais nous avons peu d’informations sur les espèces concernées. Si vous testez un reptile, cela ne sert à rien car il est improbable qu’un virus de cette espèce passe chez l’homme”, résume Jean-Claude Manuguerra. Le virologue s’étonne aussi de l’absence d’épizootie chez les animaux d’élevage, contrairement à ce qui a pu se passer en Europe. “Elles n’ont pas été documentées mais cela ne veut pas dire qu’il n’y en a pas eu”, avance-t-il.Hypothèses liées à une activité de laboratoire“Il est très étrange que le virus soit apparu à Wuhan et nulle part ailleurs et que ses hôtes intermédiaires n’aient pas été retrouvés en dépit de milliers prélèvements d’animaux”, indique le Pr Patrick Berche. Tout aussi étonnante, l’attitude des autorités chinoises vis-à-vis des fermes à fourrure. En 2003, de vastes campagnes d’abattage avaient été organisées. Rien de tout cela avec le Covid. “Aucune précaution n’a même été prise pour y limiter le risque de transmission du virus”, poursuit Renaud Piarroux, en citant une enquête sur les conditions de vie des renards et des chiens viverrins dans ces fermes, menée par l’organisation Human Society International (HSI). “Il serait extraordinaire d’observer un virus franchir une barrière d’espèce sans contamination des contemporains de l’animal intermédiaire. Des élevages auraient dû être décimés, des éleveurs contaminés en amont du marché de Wuhan, mais on ne l’a pas vu”, constate Marc Eloit.Les chiens viverrins vendus sur le marché de Huanan restaient néanmoins les suspects numéro 1. Une hypothèse mise à mal par une étude publiée le 5 décembre dans Plos Pathogens, et signée de George Gao. Elle indique que ces animaux ont une sensibilité assez faible au Sars-CoV-2 par rapport à d’autres espèces animales. Une conclusion à nuancer selon Florence Débarre : “Leur expérience montre que les variants plus récents de Sars-CoV-2 s’attachent moins bien aux récepteurs ACE2 des chiens viverrins que la version du virus apparue il y a cinq ans. Par ailleurs, une étude avait démontré que des chiens viverrins pouvaient bien être infectés par Sars-CoV-2 et même le transmettre”.4/ L’énigme du site furineVue aérienne du laboratoire de virologie de Wuhan, le 27 mai 2020 en ChineLes faitsLe 12 janvier 2020, les virologues du monde entier découvrent la séquence génétique du nouveau coronavirus, et certains restent stupéfaits. “Le gène codant la protéine Spike, la clé qui permet au Sars-CoV-2 de pénétrer dans nos cellules, contient une séquence qui pose question. Elle possède un site dit ‘de clivage par la furine’”, rappelle Etienne Decroly, directeur de recherche au CNRS. Les termes sont techniques, mais l’information essentielle, car c’est cette particularité qui permet au virus d’entrer très efficacement dans nos cellules. Elle lui confère son infectivité, sa pathogénicité et son tropisme respiratoire. Sans ce site furine, pas de pandémie.Hypothèse zoonotiqueDans la nature, des virus grippaux, mais aussi des coronavirus, possèdent un site de clivage par la furine, signe pour les défenseurs de la zoonose que Sars-CoV-2 a pu s’en doter naturellement. Il n’en reste pas moins qu’il est le seul connu au sein de sa sous-famille, les sarbecovirus, à en disposer (même le Sars-CoV, responsable de l’épidémie de 2002-2003, n’en avait pas). Comment a-t-il pu l’acquérir ? Première hypothèse, un de ses ancêtres, “Banal” par exemple, découvert par l’équipe de Marc Eloit au Laos, aurait circulé à bas bruit parmi les humains, jusqu’à ce qu’il acquière ce site par le jeu de mutations successives. Marc Eloit a cultivé l’un de ces virus – Banal-236 – et simulé sa circulation dans une population humaine, notamment sur des souris “humanisées”, avec six passages successifs. Résultat : non seulement le virus n’a pas acquis de site furine, mais son génome s’est éloigné de celui de Sars-CoV-2. “L’apparition du site furine par mutations ne fonctionne pas chez l’homme. Et il n’y a aucune raison que ce soit différent dans un hôte intermédiaire potentiel. Il faut donc faire l’hypothèse d’un échange de matériel génétique avec un autre coronavirus”, conclut le chercheur. C’est ce que l’on appelle en virologie une “recombinaison”. “Un ancêtre de Sars-CoV-2 mais dépourvu de site furine a pu recombiner au sein d’un animal intermédiaire avec un autre virus qui disposait, lui, de ce site furine”, argumente Jean-Claude Manuguerra. Sauf que l’on ne retrouve pas non plus dans la nature les partenaires potentiels de cette recombinaison. “Dire que c’est la preuve d’une intervention humaine car c’est “bizarre”, c’est un argument créationniste. En biologie, on a l’habitude d’être surpris par la diversité du vivant”, tranche Florence Débarre.Hypothèses liées à une activité de laboratoireA l’automne 2021, le groupe de recherche indépendant Drastic publie sur son site un document qui fait l’effet d’une bombe. Son nom : Defuse. Daté de mars 2018, il s’agit d’un projet déposé par une organisation non gouvernementale, EcoHealth Alliance, auprès de l’agence de recherche militaire américaine Darpa (Defense Advanced Research Projects Agency). L’ONG demande 14 millions de dollars pour évaluer le risque pandémique lié aux coronavirus de chauve-souris, au WIV et au sein du laboratoire du chercheur Ralph Baric, un spécialiste de l’étude et de la manipulation de ces virus, à l’université de Caroline du Nord (Etats-Unis).Le contenu de Defuse interroge. “Il y a deux goulots d’étranglement pour franchir la barrière d’espèces : l’acquisition d’une protéine Spike qui reconnaît efficacement le récepteur ACE2 humain et le site furine. Ces deux aspects sont abordés dans Defuse”, déclare Etienne Decroly. Le projet prévoit en effet d’ajouter des sites de clivage spécifiques aux humains à des virus apparentés au Sars-CoV, et d’évaluer leur potentiel de croissance dans des souris transgéniques humanisées.S’agit-il là de la recette du Sars-CoV-2 ? “Si les scientifiques de Wuhan avaient collecté dans les grottes du sud de la Chine une souche initiale suffisamment proche, cela aurait pu consolider cette hypothèse”, assure Marc Eloit. Dans les bases de données internationales recensant les coronavirus connus, aucune séquence génétique ne correspond toutefois à un virus ayant pu jouer ce rôle. Au WIV, la grande spécialiste des coronavirus Shi Zhengli a toujours affirmé qu’aucun des virus stockés dans ses frigos n’était un ancêtre récent du Sars-CoV-2. Une information impossible à vérifier : la base de données du laboratoire a été fermée en 2019. “Un article paru dans PLOS Pathogens en 2017 a montré que l’Institut de virologie de Wuhan disposait déjà de toute la méthodologie pour construire des virus chimériques”, rappelle Etienne Decroly.Le projet n’a pas été financé. Mais tous les chercheurs l’assurent : l’absence de fonds n’empêche pas forcément un projet de démarrer. “Admettons qu’ils ne l’aient pas fait, et que Sars-CoV-2 soit bien un virus naturel, indique le Pr Piarroux. Ses caractéristiques exceptionnelles, les millions de morts qu’il a causés, montrent à eux seuls le danger de projets scientifiques tels que Defuse.”
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Author : Stéphanie Benz, Yohan Blavignat
Publish date : 2025-01-07 06:45:00
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